मनीषा कोइराला फिल्मों में आने के साथ ही विवादों में घिरी रहीं। बात चाहे उनके फिल्मी करियर की रही हो या प्रेम प्रसंगों की। एक के बाद एक प्रेमी मनीषा के संपर्क में आते और जाते रहे। सौदागर फिल्म की शूटिंग के दौरान अभिनेता विवेक मुसरान के प्यार में पड़ने वाली मनीषा कोइराला के प्यार का अंत चंद महीनों में हो गया था।
नाना पाटेकर के साथ तो उनके रिश्ते जग जाहिर रहे, पर नाना के किसी अन्य अभिनेत्री से संबंध और खराब व्यव्हार के चलते यह रिश्ता भी नहीं चल सका। डीजे हुसैन तो मनीषा से शादी तक करना चाहते थे पर मनीषा के इनकार के बाद उनसे भी ब्रेकअप हो गया।
लंदन के सेसिल एंथनी भी मनीषा के साथ प्यार की नई ऊंचाईयों को छुआ। लेकिन ये प्यार ज्यादा दिनों तक नहीं चला । हां इस प्यार के दौरान सेसिल का बैंक बैलेंस जरुर थोड़ा सा कम हो गया क्यों कि प्यार की आंधी में वो खूब सारा पैसा मनीषा कोईराला के भाई की फिल्म पर उड़ा चुके थे. अब इसमे फिल्म चली या नहीं चली ये तो भगवान जाने । 
लेकिन मनीषा और उनका भाई एक अच्छी जिंदगी जरूर जीने लगे । ज्यादा दिनों तक रिलेशन में नहीं रह सके जबकि सेसिल ने ढेर सारा पैसा मनीषा और उनके भाई के फिल्म प्रोजेक्ट के लिए पानी की तरह बहाया था।
आर्यन वैध के प्यार के लिए तो मनीषा ने सी ग्रेड की फिल्मों में भी काम किया पर फिर भी इनका प्यार ज्यादा वक्त नहीं चल सका।
प्रशांत चौधरी के साथ तो इनका रिश्ता काफी गहरा माना गया पर पारिवारिक कारणों से ये रिश्ता भी टूट गया।
ऑस्ट्रेलियन राजदूत क्रिस्पिन कॉनरॉय हों या अजीम प्रेमजी के बेटे तारिक प्रेमजी ,मॉडल राजीव मूलचंदानी हों या संगीतकार संदीप चौटा या फिर क्रिस्टोफर डोरिस सभी मनीषा के प्रेमपास में गिरफ्त होते रहे। दर्जनभर प्रेम संबंधों में विदेशी प्रेमियों को ही ज्यादा चुना लगा।
हालांकि मनीषा कोइराला आज एकाकी जीवन जीने को मजबूर हैं।सुखी वैवाहिक जीवन जीने की कल्पना लिए मनीषा ने 2010 में बिजनेसमैन सम्राट दहल से विवाह तो कर लिया पर अफसोस यह शादी भी महज दो साल में ही टूट गई। हालांकि तलाक के लिए मनीषा ने खुद को ही दोषी माना था।
मनीषा का मानना था कि उनका विवाह करना जल्दबाजी में लिया गया गलत निर्णय था। शादी भी उनके लिए एक अनुभव मात्र रहा। शादी शुदा जीवन जीते हुए उन्होंने महसूस किया की विवाह जैसे बंधन के लिए वे नहीं बनी है। मनीषा मानती हैं कि एक बिगड़े रिश्ते को ढोने से बेहतर है उनसे अलग हो जाना।